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L'Archivio generale di Ateneo si occupa della ricezione, della classificazione e della corretta gestione di tutto il materiale documentario dell'Università di Padova, nel rispetto della normativa, degli standard deontologici e di qualità e delle buone prassi, riconosciuti a livello nazionale e internazionale.

All’Archivio generale di Ateneo spetta la gestione del protocollo, che è l'insieme delle procedure con cui i documenti vengono trattati sotto il profilo giuridico-gestionale. Gli elementi fondamentali del protocollo sono contenuti nel registro di protocollo: è un atto pubblico che fa fede della data del ricevimento e spedizione di un documento, ed è idoneo a produrre effetti giuridici a favore o a danno delle parti.

L'esigenza di disporre di un sistema archivistico valido e omogeneo è sempre stata considerata di primaria importanza nell’Ateneo, determinando l'avvio di una serie di progetti volti a standardizzare e semplificare le modalità di archiviazione e di consultazione dei documenti amministrativi: ne è un esempio il Progetto archivi, che a sua volta ricomprende i progetti Titulus 97, Thesis 1999 e Studium 2000. Inoltre, per la ricognizione  e l’adeguata classificazione del patrimonio documentario dell'Ateneo, nel 1994 è stata nominata una Commissione archivi, composta da docenti e archivisti.

Le norme su archivio, protocollo, documentazione amministrativa dell’Ateneo sono contenute negli specifici Regolamenti.