L'organizzazione dell'Ateneo è articolata in Amministrazione centrale, Dipartimenti, Scuole e Centri.

L'Amministrazione centrale ha il compito di realizzare gli obiettivi e i programmi definiti dagli organi di governo sul piano della gestione finanziaria, tecnica e amministrativa.

I Dipartimenti sono invece strutture a gestione autonoma, con un loro bilancio e un segretario amministrativo, che l'amministrazione centrale sostiene nella loro l’attività.

Dal primo gennaio 2018 l'Amministrazione centrale è stata riorganizzata a livello di Aree e Uffici per renderla omogenea alla programmazione strategica dell'Ateneo.