A quest’epoca lo Studio padovano presenta una configurazione simile a quello bolognese: le corporazioni degli scolari o università in senso stretto, i collegi dei dottori e la figura del cancelliere. Gli scolari si distinguono in Transalpini e Cisalpini, secondo un criterio etnico-geografico; all’interno si configurano le “Nationes”. Eletto dagli studenti, il rettore proveniva a turno dai due gruppi, per dar voce agli studenti arrivati da tutta Europa. All’inizio del Trecento Padova raggiunge la fase di maggior splendore della sua storia indipendente, e docenti di tutta Europa la scelgono come meta: nel 1305 dallo Studio di Parigi viene chiamato a Padova il filosofo, medico e astrologo Pietro d’Abano, figura di spicco della medicina medievale. Tra i suoi successori, Nicolò Santa Sofia, Giacomo e Giovanni Dondi dall’Orologio. La Signoria dei Carraresi dà ulteriore prestigio allo Studio, chiamando docenti famosi per attrarre il maggior numero di studenti, e Padova diventa punto di riferimento per la diffusione della cultura e della ricerca del mondo occidentale come Bologna, Oxford e Cambridge.
Verso la fine del Trecento l’insofferenza della corporazione degli studenti delle discipline filosofiche e mediche porta alla definitiva scissione dalla più antica Universitas Iuristarum; nasce così nel 1399 l’Universitas Artistorum. L’elezione di un rettore autonomo, lo studente Benedetto Greco da Salerno, è l’espressione di questa totale indipendenza organizzativa.
L’inizio del Quattrocento segna la caduta dei Carraresi e l’avvento del dominio di Venezia, che durerà più di tre secoli, fino alla fine del Settecento. Malgrado alcuni periodi di crisi, è un periodo di grande prestigio culturale che vede succedersi a Padova nomi rimasti scolpiti nella storia dell’astronomia, della medicina, della fisica e delle lettere: lasciano un segno indelebile professori come Andrea Vesalio, Gabriele Falloppio e successivamente Girolamo Fabrici d’Acquapendente: con le loro scoperte nel campo dell’anatomia contribuiranno a dare svolte significative in campo medico. Galileo Galilei insegna a Padova per 18 anni, avvalorando la tesi eliocentrica di Nicolò Copernico, e imprime una svolta fondamentale allo studio dell’astronomia. Grazie alla costruzione di un telescopio più potente di quello già esistente, fornisce le prime osservazioni dettagliate della Via Lattea, della superficie della Luna e dei quattro satelliti principali di Giove; nel 1610 pubblica il Sidereus Nuncius.
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