Dal 2007 Monica Salvadori coordina il Progetto di Scavo e valorizzazione della Casa delle Bestie ferite ad Aquileia (Ud) (2006-2009 coodirezione, dal 2010 direzione). Finanziamento Arcus s.p.s., Fondazione Aquileia, Soprintendenza dei beni archeologici del Friuli-Venezia Giulia.
A partire dal 2009 è stata inoltre responsabile di un assegno di ricerca sul tema “Il progetto di indagine sulla Casa delle Bestie ferite ad Aquileia”. L’edificio, noto per il ricco pavimento musivo con scene di caccia e immagini di animali feriti che dà il nome alla casa, sta rivelando la sua importanza sia per la ricostruzione dello sviluppo urbano nei meno noti quartieri settentrionali della città sia per una più approfondita conoscenza dell’edilizia abitativa del centro.

Tra il 2008 e il 2010 è stata responsabile di Unità di Ricerca nell’ambito di un Progetto di interesse nazionale (PRIN ex 40%) sull’Edilizia domestica di Aquileia. Titolo del progetto dell’Unità di ricerca: L'edilizia domestica ad Aquileia e nel suo territorio: i sistemi decorativi mobili e immobili.

Dal 2011 è coordinatore del Progetto (durata biennale): Dati per la ricostruzione della pittura romana in Cisalpina: dalla schedatura informatizzata dei reperti all'analisi degli aspetti tecnici, artistici, storici e sociali. Finanziamento Università di Padova. Nell’ambito del progetto è risultata vincitrice di un finanziamento per borsa dottorato di ricerca finanziata dalla Fondazione Cassa di Risparmio di Padova e Rovigo.
Nell’ambito del progetto sta coordinando un gruppo di ricerca (costituito da dottorandi e assegnisti delle Università di Padova e Bologna) indirizzato alla creazione e sperimentazione di una banca dati finalizzata alla schedatura della documentazione pittorica rinvenuta nell’area della Cisalpina.

Dal 2011 è responsabile del Progetto La ceramica greca nel Veneto: censimento e analisi delle
dinamiche produttive culturali e commerciali. Finanziamento della Regione Veneto.
Nell’ambito del progetto ha coordinato un gruppo di ricerca che ha elaborato Keramos, un database pensato per la messa in sistema dei dati relative alle collezioni di ceramica greca presenti nei Musei del Veneto.

Dal 2011 collabora con l’Österreichische Akademie der Wissenschaften (ÖAW), Institut für Kulturgeschichte der Antike al Progetto Arte romana e rilievo storico: dal racconto di storie al racconto della Storia ed è responsabile del gruppo di ricerca che si occupa della lettura e della decodificazione dei gesti nelle scene storiche.