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Rubrica
Qualifica
RICERCATORE T. DET. TIPO B (LEGGE 240/10, ART. 24, COMMA 3)
Struttura
Indirizzo
VIA GIUSEPPE ORUS, 2 - PADOVA
Telefono
049 827 6290
Informazioni Personali: Nato a Lucca nel 1985, Nazionalità Italiana
Principali temi ed interessi di ricerca: Antropologia Molecolare, Genomica di popolazione umana, Genomica computazionale, Selezione Naturale, Biodemografia umana.
Principali co-autori e collaboratori attivi: Dr. Mait Metspalu, Director of Estonian Biocentre, Tartu, GB; Dr. Toomas Kivisild, University of Cambridge, GB; Dr. Chris Tyler-Smith, Wellcome Trust Sanger Institute, GB; Dr. Mark Thomas, UCL, GB; Dr. Eske Willerslev, Director of GeoGenomics Centre, Denmark; Dr. Sergio Tofanelli, University of Pisa, Italy; Prof. Donata Luiselli, University of Bologna, Italy; Dr. Rasmus Nielsen, UC Berkeley, US
Didattica Frontale e Supervisione: Responsabile del Corso di Antropologia (6 CFU) per il Corso di Studi in Scienze Naturali (UniPd); Attualmente supervisore di due tesi magistrali, tre dottorandi e un postdoc.
Esperienza di Ricerca e Formazione Accademica:
-RTD-b (Marzo 2017-posizione attuale): Ricercatore a Tempo Determinato di tipo b in Antropologia (BIO/08)
presso il Dipartimento di Biologia, Università di Padova.
-Senior Fellow (Luglio 2016-Febbraio 2017): Senior Research Fellow presso l'Estonian Biocentre, Tartu, Estonia con responsabilità e finanziamenti atti a fondare un gruppo di ricerca (post-doc e dottorandi) su tematiche inerenti la genomica evolutiva di popolazioni umane moderne.
-Ricercatore (Marzo 2014-Giugno 2016): Postdoctoral Fellow presso Università di Cambridge, Cambridge, GB. Referente: Dr. Toomas Kivisild.
-Ricercatore (Gennaio 2013- Febbraio 2014): Postdoctoral Fellow presso il Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, GB. Referente: Dr. Chris Tyler-Smith.
-Dottorato (2010-2013): Dottorato triennale in Antropologia Biologica (Tesi dal titolo: Through the layers of the Ethiopian genome: a survey of human genetic variation based on genome-wide genotyping and re-sequencing data) presso l'Universitá di Cambridge, GB (Supervisore: Dr. Toomas Kivisild).
-Laurea (2004-2009): Diploma di Licenza (Quinquennale) in Scienze Biologiche presso la Scuola Normale Superiore di Pisa (Voto: 70/70 e lode) e Laurea presso l’Universitá di Pisa (Voto: 110/110 e Lode).
Abilità e Competenze: Dry Lab: Processazione, analisi e sviluppo di nuovi software per la gestione del dato genomico di nuova generazione; Programmazione avanzata in Perl, Awk, Bash, R. Wet Lab: Produzione e arricchimento di templati di DNA per il sequenziamento NGS (Illumina), Estrazione e purificazione di DNA/RNA da Saliva, Sangue, Swabs e campioni ambientali; PCR; Elettroforesi su gel; WGA; Western Blot; Raccolta di fenotipi morfologici e biomedici.
Progetti attualmente finanziati: Mobilitas Pluss Top Researcher grant on Estonian Human Genomic Diversity. Ruolo: Principal Investigator (2017-2021, 680.000 EUR, Ruolo: PI).
Premi e Riconoscimenti Internazionali: Estonian National Prize for Science (2017, 20.000 Euro); ASHG/Charles J. Epstein Trainee Award for Excellence in Human Genetics Research – Semifinalist (2013, $750); ASHG Cotterman Award per il miglior Research Paper pubblicato da un ricercatore junior nel 2012 sull' AJHG (2012, 1000$).
Avvisi
Orari di ricevimento
- Sono disponibile per ricevimenti qualsiasi giorno nel mio studio (Terzo Piano Sud, Stanza 5, Polo Vallisneri), preferibilmente dal martedí al giovedí, previo appuntamento via email. / I am available at any time in my office (3rd Floor South, Room 5, Vallisneri Building), preferably between Tuesday and Thursday. Please drop me an email to arrange a meeting.
Pubblicazioni
ORCID: 0000-0002-6639-524X
Scopus Author ID: 49862154800
ResearcherID: G-8511-2017
Selected publications:
1. Jagoda E, Lawson DJ, Wall JD, Lambert D, Muller C, Westaway M, Leavesley M, Capellini TD, Lahr MM, Gerbault P, Thomas MG, Migliano AB, Willerslev E, Metspalu M, Pagani L. (2017) Disentangling Adaptive Introgression from Selection on Standing Introgressed Variation in Humans. Molecular Biology and Evolution (Advance online access; doi/10.1093/molbev/msx314) (senior author)
2. Bortolini E, Pagani L*, Crema ER, Sarno S, Barbieri C, Boattini A, Sazzini M, Da Silva SG, Martini G, Metspalu M, Pettener D, Luiselli D, Tehrani JJ. (2016) Inferring patterns of folktale diffusion using genomic data Proceedings of the National Academy of Sciences https://doi.org/10.1073/pnas.1614395114 (*joint first author)
3. Pagani, L., Lawson, DJ, Jagoda E, Mörseburg A, Eriksson A, Mitt M, Clemente F, Hudjashov G, DeGiorgio, M, Saag L. (2016) Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia. Nature 538(7624):238-242
4. Pagani L; Schiffels S, Gurdasani D, Danecek Petr, Scally A, Chen Y, Xue Y, Haber M, Ekong R, Oljira T. (2015) Tracing the route of modern humans out of Africa by using 225 human genome sequences from Ethiopians and Egyptians. The American Journal of Human Genetics 96(6):986-991
5. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, Pagani L*, Tachmazidou I, Hatzikotoulas K, Karthikeyan S, Iles L, Pollard MO, Choudhury A. (2015) The African genome variation project shapes medical genetics in Africa. Nature 517(7534):327-332 (*joint first author)
6. Xue Y, Prado-Martinez J, Sudmant P, Narasimhan V, Ayub Q, Szpak M, Frandsen P, Chen Y, Yngvadottir B, Cooper DN, Pagani L et al. (2015) Mountain gorilla genomes reveal the impact of long-term population decline and inbreeding. Science 348(6231):242-245
7. Huerta-Sánchez E, DeGiorgio M, Pagani L*, Tarekegn A, Ekong R, Antao T, Cardona A, Montgomery HE, Cavalleri GL, Robbins PA. (2013) Genetic signatures reveal high-altitude adaptation in a set of Ethiopian populations. Molecular biology and evolution 30(8):1877-1888 (*joint first author)
8. Raj SM, Pagani L*, Romero IG, Kivisild T, Amos W. (2013) A general linear model-based approach for inferring selection to climate. BMC Genetics 14:87 (*joint first author)
9. Pagani L, Ayub Q, MacArthur DG, Xue Y, Baillie JK, Chen Y, Kozarewa I, Turner DJ, Tofanelli S, Bulayeva K. (2012) High altitude adaptation in Daghestani populations from the Caucasus. Human Genetics 131(3):423-433
10. Pagani L, Kivisild T, Tarekegn A, Ekong R, Plaster C, Romero IG, AQ, Mehdi SQ, Thomas MG, Luiselli D. (2012) Ethiopian genetic diversity reveals linguistic stratification and complex influences on the Ethiopian gene pool. The American Journal of Human Genetics 91(1):83-96
Area di ricerca
Antropologia Molecolare, Genomica di popolazione umana, DNA Antico, Genomica computazionale, Selezione Naturale, Biodemografia umana
Tesi proposte
Antropologia fisica: analisi di reperti ossei da necropoli Italiane, disponibili presso il Museo di Antropologia di Padova. Per ulteriori informazioni scrivere a me e al curatore del museo, Dr. Nicola Carrara;
Antropologia Molecolare: diversitá genetica in popolazioni mondiali (con focus su popolazioni Estoni, Etiopiche ed Italiane); interazione fra aplotipi antichi e moderni a livello autosomico; analisi di dati genomici disponibili in letteratura e di recente pubblicazione. Sono richieste la conoscenza pregressa di almeno un linguaggio di programmazione (R, Python, Perl, C++..) e abilitá soddisfacenti in ambiente Unix.
