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Oltre a quelle previste dal programma quadro (ad esempio Horizon 2020 o  Horizon Europe), altre opportunità di finanziamento per la ricerca sono disponibili a livello europeo. Una varietà di argomenti e aree sono interessati. Il finanziamento per alcuni settori e campi specifici può essere gestito dalle Direzioni Generali competenti (DG), con proprie risorse finanziarie e bandi competitivi. Altri programmi sono gestiti direttamente dalla Commissione Europea e non inclusi nel Programma Quadro. Tali schemi di finanziamento possono finanziare progetti di ricerca e/o attività di networking, disseminazione/condivisione di buone pratiche.

Vi sono anche altri strumenti di finanziamento, programmi e sinergie che sono parzialmente inclusi e supportati all'interno del budget di Horizon 2020, seguendo regole di partecipazione che sono abbastanza diverse da quelle dei tre pilastri, coinvolgendo anche la partecipazione di organizzazioni che possono essere vincolate da vincoli contrattuali a lungo termine o dalla costituzione di nuove entità legali composte sia da rappresentanti di categorie istituzionali e industriali sia da consorzi pubblici. Queste sinergie sono supportate per perseguire obiettivi strategici complessi e impegnativi di interesse pubblico e con una prospettiva a lungo termine. È il caso della programmazione congiunta, bandi transnazionali tra autorità pubbliche, partenariati pubblico-privato e pubblico-pubblico e altre sinergie che richiedono un'efficace collaborazione tra settore pubblico e privato.

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